W granicach parku znajduje się około 50 jezior. Do największych należy Jezioro Charzykowskie. Należy ono jak Jezioro Długie, Karsińskie, Witoczno, Kosobudno i Łąckie, do jezior rynnowych, najczęściej przepływowych. W Parku Zaborskim można spotkać, charakterystyczne dla tego terenu, oligotroficzne jeziora lobeliowe z kryształowo czystą wodą i ubogie pokarmowo oraz małe jeziorka dystroficzne bogate w związki humusowe.